肉豆蔻酸異丙酯是非脂性潤膚劑，極易被皮膚吸收。是半固體基質的組分之一，也可作為局部給藥制劑中許多物質的溶劑。它應用于各種局部制劑和化妝品，包括浴油、化妝品、護發護甲產品、面霜、洗劑、護唇膏、剃須膏、潤膚劑、除臭劑、耳部用混懸劑、陰道霜劑。例如，肉豆蔻酸異丙酯在某一冷霜處方中是一種自乳化成份，而這種冷霜處方可作為許多藥物和皮膚用藥物的基質；在化妝品中，其在水和甘油的穩定混合液中也有應用。 肉豆蔻酸異丙酯可作為透皮吸收制劑中的穿透促進劑，可與治療用超聲波和離子導入結合一起使用。肉豆蔻酸異丙酯在水-油凝膠緩釋乳（water-oil gel prolonged-release emulsion）中可作為油相的主要成分。